История про бобра и его ДС. Часть 3

Через пару дней вынашивания своего гениального плана, бобр остался в Москве на ночь, чтобы с утра осуществить свой план завоевания и удивления своей Д. Итак, утром он встал рано, часов так в 7, и быстро начал собираться, и поехал к своей Д, а точнее не совсем к ней, а к ее подъезду, купив при этом цветов ( Молодец:) ). Утром было холодно, но он, как настоящий джентельмен, не сдался и не пошел в подъезд, чтобы погреться, он же не гопота:) Прошло около 2 часов, но Д все еще не вышла. У бобра уже начали промелькать мысли о том, не могла ли она раньше пойти на работу, чем он приехал. Но нет, после двух с пловиной часов Д наконец вышла из подъезда, при этом не заметив бобра. Она одела наушники и пошла деловым шагом к станции метро. Бобр заметил ее, и быстро подошел к ней. Увидев цветы, она была в шоке. В шоковом состоянии она находилась приблизительно минут 5, постоянно повторяя: "Ну ты даешь! Сумасшедший." Ну илил что-то на подобии этого, я там не был, как говориться, свечку не держал:) Ну так вот, поразил он свою Д своим мужественным поступком. Теперь, впринципе, какая-то уверенность в том, что его Д сможет стать для него ДС появилась:) Но к сожалению Д (или ДС, хотя наверное рановато) на днях улетела к себе домой, защищать диплом. Бобр, естественно, как настоящий джентельмен, проводил ее в аэропорт. Вообщем все хорошо:)
Такова был история про бобра и его ДС:) Надеюсь продолжения будет:)

Установка SIESTA под Linux

Будем производить установку параллельной версии SIESTA-3.0-rc2 а также SIESTA-TRUNK-364, потому что не параллельную может установить каждый, да и это не интересно.

Прежде всего, перед установкой, надо убедиться, что стоят следующие пакеты:

Intel^® Fortran Compiler 12.0

Intel^® Math Kernel Library 10.3

Intel^® Debugger

Эти пакеты находятся в Intel^® Fortran Composer XE 2011 for Linux

Скачиваем его и устанавливаем, если есть трудности в установке, то можно воспользоваться пособием (http://conquer-ur-computer.blogspot.com/2010/12/install-intel-fortran-c-ifort-icc-in.html).

Далее, нужно установить

Intel^® C++ Compiler 12.0

Intel^® Integrated Performance Primitives

Intel^® Parallel Building Blocks

Эти пакеты можно скачать отсюда Intel^® C++ Composer XE 2011 for Linux

Устанавливаются также, как и Fortran.

Далее нужно отредактировать системный файл, для этого пишем

gedit ~/.bashrc

и записываем в него строчку

export PATH=$PATH:/opt/intel/bin/

Первый этап закончен.

Далее, нам необходимо установить gfortran и Fortran 77. Сделать это нам поможет менеджер пакетов Synaptic. Необходимо найти и добавить следующие пакеты 

libmpich2-2

libmpich2-dev

mpich2

mpich2-doc

А также хорошо бы добавить еще

debhelper (>= 7)

cdbs

gfortran

txt2man

libxt-dev

x11proto-core-dev

default-jdk

quilt

procps

libhwloc-dev

hwloc-nox

libcr-dev

Если все получилось установить, то тогда можно приступать и к установке самой программы SIESTA. Но, для начала перезагружаемся:)

После перезагрузки распаковываем архив, далее по инструкции в /Obj/README

После того, как мы получили arch.make в директории Obj, нужно его немного поправить, длят ого, чтобы прописать в нем правильные пути в нашим MKL библиотекам.

Для начала нужно проверить, нашел ли он библиотеки mpi, смотрим, если есть строчка 

 

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a

 

значит все в порядке, если нет, то надо разбираться индивидуально.

Начинаем редактирование. Здесь я приведу свой собственный способ задания пути для MKL библиотек. 

Для начала комментируем или удаляем стандартные прописанные пути к библиотекам 

 

#BLAS_LIBS = 

#LAPACK_LIBS =

#BLACS_LIBS =

#SCALAPACK_LIBS = 

 

Кроме

 

COMP_LIBS=

 

и записываем:

 

MKLROOT = /opt/intel/mkl

STAT_LIBS = $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_scalapack_core.a  -Wl,--start-group $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_intel.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_sequential.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_core.a $(MKLROOT)/lib/ia32/libmkl_blacs_intelmpi.a -Wl,--end-group -lpthread

DYN_LIBS = -L$(MKLROOT)/lib/ia32 -lmkl_scalapack_core  -Wl,--start-group -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi -Wl,--end-group -lpthread

 LIBS=$(STAT_LIBS) $(DYN_LIBS)

 

Все, готово:) Библиотеки были скачаны и прописаны для архитектуры IA-32 и компилятора, соответственно, Intel Fortran. 

Чтобы правильно прописать пути к библиотекам, можно воспользоваться удобным сервисом Intel® Math Kernel Library Link Line Advisor.

Теперь можно делать make, и все будет работать, если далее вы сделаете то, что написано в (http://blog-from-alex.blogspot.com/2011/07/siesta.html) :) 

Удачи!

Ход времени

Сегодня, увидел, что после установки Ubuntu на свой компьютер, время в Windows изменилось, оно стало на сутки больше. Я его исправил, поставил как надо. После чего зашел в Ubuntu и начала дальше заниматься делами, а точнее сборкой SIESTA в параллельном режиме, после make я увидел ошибку

"make: Неправильный ход часов. Сборка может быть неполной." 

Потратив немного времени, я нашел причину, причина была в том, что Windows берет время из BIOS и принимает его за истинное, а Linux берет время из BIOS и прибавляет к нему 3 часа, чтобы перейти на московское, соответственно, после установки Linux, синхронизация времени у Windows и Linux сбилась, и получилось, что я собираю файл раньше, чем его создал. Решение это проблемы было найдено на одном из форумов.
Нужно зайти в  

regedit -> HKEY_LOCAL_MACHINE/SYSTEM/CurrentControlSet/Control/TimeZoneInformation 

далее

New -> DWORD (32-bit) 

и присвоить имя RealTimeIsUniversal и значение value = 1, после чего Windows время будет считать так же как и Linux. Вот так :)

Не работает Skype 5.3

Вчера днем у всех моих знакомых перестал работать skype после обновления до версии 5.3. Через сутки у большинства он заработал, но у меня до сих пор никак не может. При загрузке skype выскакивает окошко, что произошла критическая ошибка и программа будет завершена. Я попробовал запустить skype из-под Ubuntu, но эта попытка также не увенчалась успехом, при попытке подключиться к сети программа просто закрывалась без всяких причин. Сегодня я нашел выход из этой ситуации, удалили у себя Skype 5.3 и установил старую 4 версию. После чего смог спокойно соединиться с сетью без всяких ошибок и проблем:)

Ubuntu 9.10

На днях установил себе на Lenovo операционную систему Ubuntu 9.10. Т.к. у меня стоит еще и Win XP, то теперь у меня есть две ОС. Для Ubuntu я отвел один логический диск, размером 30 Гб, остальное пол Windows. Установка прошла более чем просто и успешно, уже минут через 30 я имел установленную ОС на своем компьютере, причем все драйвера работали сразу же и исправно. Правда пришлось немного под настроить wifi, чтобы подключиться к интернету, но это мелочи, и сможет освоить каждый. В настоящее время я занимаюсь установкой компиляторов и библиотек, чтобы в дальнейшем поставить все мои нужные программы, потому что, как выяснилось, при установке siesta (Описывалось в предыдущем сообщении) оказалась некая несовместимость между компонентами MKL библиотек, и siesta. Потому что библиотеки были собраны при помощи компилятора ifort, а все мои программы собирались при помощи gfortran или g95, т.к. из-под cygwin. Сейчас пробую установить все все все, чтобы можно было спокойно поставить программы, как на кластере и чтобы библиотеки прилинковались хорошо к моим программам. Если все пройдет успешно, то напишу в следующем сообщении о том, как все прошло.

P.S. Ubuntu довольно симпатичная ОС, на первый взгляд, мне очень понравилась, если учитывать, что это моя первая ОС на основе Linux.

Ноут распараллелился

В январе месяце этого года, будучи в Италии, я установил себе cygwin. До этого момента я переустановил у себя windows. Поставив cygwin я решил установить QE на ноутбук, потому что была школа, посвященная этой программе, и мне надо было протестировать кое-что. Установил, все нормально, в serial version, как обычно из-под windows бывает. Но около месяца назад я узнал, что есть mpich2 для windows (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads) недолго думая, я скачал себе MPICH2 Source (UNIX and Windows) и установил. Да, совсем забыл, на сайт я вышел, т.к. узнал, что можно есть параллельная версия LAMMPS для windows, и там была вышеуказанная ссылка на mpich2. Далее необходимо было прописать путь к mpiexec, как написано в README "PATH=/home/<USERNAME>/mpich2-install/bin:$PATH ; export PATH" и дальше скопировать все файлы из mpich2-install/bin в папку cygwin/usr/local/bin и тогда все заработает. Таким образом я скачал  LAMMPS и mpich2 для windows и все установил. LAMMPS заработал в параллельном режиме автоматически. Но меня это не порадовало особо, потому что я не работал с этой программой и интереса в ней у меня не было. В то же время, около месяца назад, я, наконец, научился устанавливать SIESTA на вычислительные кластеры из под ПО Linux в parallel mode, это большое достижения для меня, я считаю:) После этого дела я решил установить на свой Lenovo QE в параллельном режиме, и...о чудо! На моем одноядерном ноуте я могу считать параллельно на двех ядрах, правда ядра не физичекие, а, благодаря тому, что у моего процессора реализована технология Hyper-Threading, у меня одно ядро может выполнять две задачки параллельно. Сейчас пробую поставить SIESTA на ноут также параллельно, что выйдет, пока не знаю. увидим:)

История про бобра и его ДС. Часть 2

Ясным майским утром, по пути в славный город Долгопрудный... эта фраза не лично моя, она произносилась одним человеком, чье имя я называть не буду... противно просто. Ну так вот, по пути туда у бобра возникла очень интересная идея. Идея состояла в том, чтобы удивить свою Д, и, наконец, поговорить с ней о будущем, потому что бобр уже начал думать, о том, что он может быть не интересен ей, поэтому ему было необходимо придумать что-то такое, чтобы очень сильно удивить свою Д. Мысль заключалась в следующем, бобр с утра придет к подъезду Д с букетом цветов и будет ждать пока она не выйдет из подъезда, чтобы пойти на работу. Дело в том, что Д работает очень много, и свободного времени у нее почти нет для того, чтобы погулять с бобром или просто сходить на свидание. Поэтому у него ничего не оставалось, как занять собой ее время по пути из дома на работу. По-моему, это гениальная идея. Правда, она вынашивалась в голове нашего бобра очень и очень долго, а потом прокручивались разные сценарии осущиствления этого действа. Но, тем не менее, идея есть, план удивления есть, осталось только осуществить ее не менее блестательно...
Продолжение следует...